Teritorijalna organizacija BiH koja bi podrazumijevala četiri regije ustanovljene po ekonomskim principima izazvala je najviše reakcija, koje idu i do otkazivanja podrške sporazumu. Mladen Ivanić, predsjednik Partije demokratskog progresa:
„Što se tiče Prudskog sporazuma, on je uvijek imao moju podršku, ali ova priča o četiri teritorijalne jedinice u BiH nema. Ja sam protiv ulaska tako nepripremljeno u razgovor o Ustavu i mislim da je to jedan nepotreban eksperiment u kome RS posebno ništa nije mogla dobiti nego naprotiv - samo sama otvoriti određene dileme i zato sam protiv takvog sporazuma.“
Skepticizma su puni i u Stranci za BiH, čiji predsjednik Haris Silajdžić sumnja u isključivo ekonomski karakter regija i njihov prelazak entitetske granice:
„Podjele zemlje neće biti. Ima dovoljno snaga u BiH koje će to spriječiti. Četiri regije bazirane na istinski multietničkim osnovama je nešto o čemu mi u Stranci za BiH govorimo sedam godina. I ja to podržavam. Problem je što se sinoć javio Milorad Dodik da kaže kako to sve skupa nije istina.“
Član Predsjedništva Socijaldemokratske partije BiH Denis Bećirović kaže kako se radi o nejasnoj i preuopštenoj izjavi koju svako tumači kako hoće, te da je podloga za novi nesporazum:
„Mi smatramo da je budućnost BiH u regijama koje će biti zasnovane na ekonomskim, geografskim, prostornim i drugim kriterijima. Međutim, kada je riječ o ovom dogovoru, onda je stvar potpuno nejasna jer Dodik tvrdi da su granice RS neupitne, Čović vjerovatno priželjkuje u toj priči treći entitet, dok Tihić govori da će buduće regije prelaziti entitetske granice. Oni su sklopili samo jedan nejasan sporazum za nove nesporazume.“
Martin Raguž, potpredsjednik HDZ 1990, kaže kako su predstavljene samo načelne stvari, te izrazio sumnju u podršku dogovoru u državnom Parlamentu:
„Niti pitanje nadležnosti države do srednje razine vlasti, niti pitanje, izgleda, tih teritorijalnih jedinica koje su najavljene, niti pitanje teritorijalne pozicije nisu predstavljeni javnosti, tako da je činjenica da te tri stranke u ovom trenutku niti nemaju dvotrećinsku većinu ua Parlamentu BiH, što je Ustavom propisana procedura za promjenu Ustava.“
Pojašnjavajući šta je zapravo dogovoreno, Sulejman Tihić kaže kako su regije zamišljene kao srednja razina vlasti:
„Ja smatram da četiri teritorijalne jedinice moraju biti formirane kao multietničke, zasnovane na geografskim, historijskim, gospodarskim, saobraćajnim kriterijima, i da su to regije Mostara, koja podrazumijeva istočnu i zapadnu Hercegovinu, Sarajeva, koja podrazumijeva okolinu Sarajeva, dio središnje Bosne i jugoistočnu Bosnu, Tuzle, koja podrazumijeva prostor na istoku do Drine, na sjeveru do Save, i Banja Luka, koja podrazumijeva prostor Krajine. To je moj pogled, pogled SDA. Mi pristajemo i na više regija, ali u svakom slučaju više od tri.“
U pojašnjenju dogovora sa jučerašnjeg sastanka Milorad Dodik riješio je jednu od dilema rekavši kako nema preustrojstva RS:
„Šta je sa RS? Ja kažem da je to sigurno jedna od četiri ili tri ili ako budu dvije, nama je sasvim svejedno, teritorijalne jedinice u BiH, ali RS nedirnuta u svom kapacitetu, RS koja traži 0,4 posto teritorije jer je nije dobila utvrđivanjem entitetske linije - to ćemo raditi u narednom periodu.“
Uređenje regija Dodik prepušta Federaciji:
„Šta sad? To je stvar ipak ljudi u Federaciji kako će oni organizovati. Ja sam rekao da je naš prijedlog jasan: RS, hoćete li unutra - ide, nećete - doviđenja.“
Kritika i tumačenje je dozvoljeno svima, kaže Tihić, no najvažnije je da se o teritorijalnom ustrojstvu uopšte počelo govoriti, iako možda ne u pravi čas:
„Mi smo otvorili jedno dosta vruće pitanje teritorijalne organizacije. Izgleda da u BiH još ne postoji ambijent za takvu vrstu dogovora. Izgleda da su u BiH još uvijek prisutne isključivosti na jednoj i na drugoj i na trećoj strani, a BiH možemo graditi samo uz dogovore i kompromise i određene ustupke svih.“
