Iako je u bivšoj državi bila zaštićeni spomenik prirode i poznato turističko odredište, danas je Vjetrenica u Popovom polju potpuno nezaštićeno područje. O njoj se trenutačno brinu jedino domaće i svjetske nevladine organizacije, dok su joj lokalne vlasti najveća prijetnja, ističe Ivo Lučić, predsjednik Speleološke udruge Vjetrenica - Popovo polje:
"Glavni udar se dogodio u proljeće, u 4. mjesecu 2007. godine, kada je općina Ravno donijela jedan prostorni plan, koji je naprosto neshvatljiv. Mislim da je to bio jedan od prvih prostornih planova na području Hercegovine. Taj plan gazi osnovne pojmove struke. Prema prostornom planu Bosne i Hercegovine iz 1981. godine, ovo područje je predviđeno kao rezervat prirode - najviša kategorija zaštite. Općina je hladno tu postavila jedan kamenolom, koji već i funkcionira."
Lučić također dodaje kako u Bosni i Hercegovini ne postoje adekvatne institucije, niti zakoni koji bi se brinuli i štitili prirodno naslijeđe:
"Općina Ravno je izdala dozvolu a Elektroprivreda Bosne i Hercegovine je priključila pumpu koja ispumpava vodu iz izvora Lukavac, koji je hidrološki dio Vjetrenice. Kamenolom nije ni na koji način saniran, niti se pokazuje želja da se odustane od njega. Poljoprivreda ne podliježe nikakvim zaštitnim mjerama koje su u okviru ekoloških vrijednosti."
Vjetrenica, kao i ostali dijelovi Dinarskog krša, još uvijek nije dovoljno istraženo područje. Ovdje svake godine boravi velik broj istraživača i stručnjaka, osobito iz Hrvatske, koji također upozoravaju na ugroženost ovog prirodnog fenomena. Jedan od njih je i Dražen Perica, profesor na Sveučilištu u Zadru:
"Ovo područje, Dinarsko područje, a u okviru toga Popovo polje, Vjetrenica i okolni speološki objekti, zahtijevaju jedno dosta složeno istraživanje, a samim tim, obzirom na njegovo značenje, i posebnu zaštitu. Svaki postupka koji bi bio loš, i gospodarski i općenito, za opstanak ljudi i gospodarstva, koji se napravi u višim dijelovima krša, osjetit će se u nižim dijelovima krša jer se radi o terenu koji je vodo-propustan. Mora se jako paziti na sve zahvate koji se rade."
Vjetrenica je vodeća u svijetu po bogatstvu podzemnog biodivirziteta. U njoj je otkriveno gotovo 100 biljnih i životinjskih vrsta, od kojih je najveći broj izrazitih endema, kaže Roman Ozimec, biolog iz Zagreba:
"Jedna skupina te podzemne faune živi na kopnu. Ona može biti devastirana i ugrožena različitim oblicima devastacije tog područja - kamenolomima i sličnim zahvatima koji se ovdje već planiraju. Skupina vodenih organizama je još više ugrožena zbog prirode medija u kojima oni opstaju, a to je voda. Danas je voda u kršu strateško bogatstvo i strateški resurs. Ukoliko pod hitno ne ograničimo korištenje vode i ne ostavimo dovoljnu količinu za podzemne ekološke sustave, ta fauna nestaje jer bez vode nje nema."
Za razliku od Bosne i Hercegovine, pitanje zaštite prirodnog nasljeđa u Republici Hrvatskoj dobro je riješeno, dodaje Perica:
"Zakoni u Hrvatskoj su dosta definirani. Pravne stvari su na Vladi, na Ministarstvu kulture je zašita prirode, a na Ministarstvu graditeljstva je zaštita okoliša. Stvari su pravno regulirane i praktično ne možete ništa poduzeti bez prethodnih suglasnosti."
Brojne strane organizacije uputile su pismo bosanskohercegovačkim vlastima, u kojem ih pozivaju da što prije poduzmu mjere zaštite Vjetrenice. Unatoč činjenici da je Vjetrenica upisana u Smaragdnu mrežu, te da je predložena na Listu svjetske baštine, još uvijek nema reakcija bosanskohercegovačkih vlasti, naglašava Lučić:
"Šta napraviti u Bosni i Hercegovini u kojoj se vlast nalazi pod velikim pritiscima i za mnogo složenija pitanja, kao što su ustavne promjene, dok je Vjetrenica u svakom pogledu zadnja rupa na svirali u bosansko-hercegovačkoj upravnoj javnosti."
Iako je Vjetrenicu nekad posjećivalo i do desetak tisuća turista godišnje, danas je posjeti tek stotinjak, tako da u Bosni i Hercegovini izrastaju generacije koje za ovu, svjetski poznatu špilju, nikada nisu ni čule.
