U doba osnivanja, krajem devedesetih, ondašnja ga je Tuđmanova vlast doživljavala kao bunt i opozicijski "pokret otpora" lijeve liberalne političke elite, što je u neku ruku i bio. No, osnivač i umjetnički direktor, Rajko Grlić, naglašava da je Motovun prije svega nastao kao suprotnost i "otpor" glamuroznom filmskom "crvenom tepihu", posvećen malim i nezavisnim kinematografijama, što je i do danas ostao.
Kraj devedesetih u Hrvatskoj obilježavale su velike pompozne priredbe, uštogljenost i ozbiljnost - sjeća se umjetnički direktor i osnivač Motovunskog filmskog festivala, Rajko Grlić:
"Motovun se rodio kao prirodna reakcija ljudi koji su htjeli izaći iz sivog, uštogljenog, pompoznog i Montipajtonovskog svijeta, koji je tada Hrvatsku zaplavio. Bila je to država, da ne govorimo o političkim kategorijama, beskonačno ozbiljna, ukrućena, pravila je velike priredbe. Činilo mi se da jedina ozbiljna borba protiv toga je borba veseljem. Napravili smo jednu malu dogodovštinu u jednom sasvim malom gradiću koji se zove Motovun. U njemu smo probali sakupiti ljude koji bi se htjeli veseliti. Tadašnja vlast je to shvatila kao opozicionu gestu, što mi se čini da govori o gluposti te politike."
Nadali su se da će se tog ljeta 1999. godine na motovunsko brdo popeti barem 500 filmofila i ljudi iz filmskog svijeta, a ostali osupnuti tisućama koji su poželjeli "drukčije" i zaposjeli taj srednjovjekovni istarski gradić:
"Jako sam se čudio. Mislio sam da će na prvi Motovun doći petstotinjak ljudi i to bi bio veliki uspjeh. Došlo je 6.000 - 7.000 ljudi. Te prve godine je to bio izraz pokreta otpora. Tuđmanov režim se malo preigrao. Oni su bacili na festival nekoliko prokletstava - i Ministarstvo kulture i organizirali Pulu u isto vrijeme. To je već bila 1999. godina, pa ta prijetnja više nije imala taj eho i strah."
I danas Motovun ima komponente Woodstocka, omiljeno je mjesto urbanih alternativaca, nikad u bliskim odnosima s HDZ-ovim Ministarstvom kulture, a prve novce dobili su od Županije istarske:
"Motovun je uspio zahvaljujući veselju. Ovdje svake godine na to veselje dođe oko tridesetak hiljada ljudi. Uspio se virus Motovuna proširiti Hrvatskom, barem na nivou festivala. Danas ih ima tridesetak i uglavnom ih vode djeca Motovuna. To je ljubav prema jednoj vrsti filmova koji su protiv globalizacije i multipleksa, koji su ostali jedino mjesto gdje se filmovi prikazuju. To je neki pokret otpora. To je bio i pokret otpora da se ne bi sve pretvorilo u glamurozni crveni tepih praznine. To je jedna krajnje neformalna mala akcija nekih ljudi koji ulažu ogromnu energiju. Osmorici ljudi će Motovun večeras dodijeliti spomenicu 99 i proglašava ih prvoborcima Motovuna. Po logici, to su ljudi koji su samo davali, a nikada uzimali i bili sa nama 10 godina."
Neki su uvjereni da se bez Motovuna, koji je u to doba bio odgovor ljevičara prenapuhanoj Puli, najstariji filmski festival u pulskoj Areni bez te konkurencije ne bi uspio oporaviti, dok drugi zaključuju kako su u tom nadmetanju oba hrvatska festivala izgubila, osobito Pula jer je u regiji, po obrascima Motovuna, vrlo brzo nikao snažan Sarajevski filmski festival. Rajko Grlić:
