Parku prirode Hutovo blato prijete požari, presušivanje, a endemskim vrstama u ovom prirodnom bogatstvu na jugu Bosne i Hercegovine izumiranje. Uz nisku nadmorsku visinu, prodor slane vode iz Jadranskog mora i klimatske promjene, stručnjaci upozoravaju da je najveći neprijatelj ovog zaštićenog područja prije svega čovjek.