Iako je vojni kabinet Vrhovnog saveta odbrane saopštio da na sednici održanoj 16. marta nije raspravljao niti odlučivao o promeni procedure komandovanja i upotrebe Vojske Srbije i Crne Gore jer je to propisano Ustavnom poveljom, nakon usvajanja nove vojne doktrine i posebno izjave predsednika Crne Gore Filipa Vujanovića da armijom na teritoriji te republike komanduje on, ostala je nedoumica da li je zapravo prekinut jedinstveni lanac komandovanja na čitavoj teritoriji državne zajednice. Portparol Ministarstva odbrane pukovnik Zoran Puhač za naš pogram kaže da je ministar odbrane predložio održavanje nove sednice Vrhovnog saveta odbrane na kojoj bi se razjasnile nastale nedoumice, a određene predloge Vrhovnom savetu odbrane, prema Puhačevim rečima, uputio je i Kolegijum ministra odbrane:
“Kolegijum ministra odbrane je zaključio da predloži Vrhovnom savetu odbrane da donese odluku da se usvojena doktrina Vojska Srbije i Crne Gore ne primenjuje do završetka referenduma u Republici Crnoj Gori. Znači da se ne primenjuje uopšte na celoj teritoriji.”
Kabinet predsednika Srbije Borisa Tadića saopštio je da tvrdnja predsednika Crne Gore Filipa Vujanovića da su na osnovu odluka Vrhovnog saveta odbarane i jedinice Vojske na teritoriji ove republike pod njegovom komandom ne proizilazi iz zaključka sa tog sastanka. Istovremeno Vlada Srbije je zatražila je od Ministrarstva odbrane da preduzme korake kako bi se u najkraćem roku preinačile odluke Vrhovnog saveta odbrane koje Vojsku SiCG, kako je navedeno, suprotno Ustavnoj povelji, stavljaju u različit položaj u državama članicama. Vlada je takođe i od predsednika državne zajednice Svetozara Marovića i Vrhovnog saveta odbrane zatražila dodatna pojašnjenja donetih odluka. Andreja Mladenović, portparol vladajuće Demokratske stranke Srbije:
“Očigledno je, kada sa najvišeg mesta iz jedne republike dođe jedno tumačenje da morate tražiti objašnjenje. I ono je traženo od tog organa, koji je o tome i raspravljao i neke dokumente usvojio. Da da objašnjenje da li je zaista to tumačenje ispravno ili nije. Ja se nadam da će to biti na pravi način razjašnjeno i da se ta pitanja neće koristiti upravo u svrhe određenih kampanja i nekih pojedinačnih političkih ciljeva.”
Odmah nakon sednice Vrhovnog saveta odbrane i ministar odbrane Zoran Stanković demantovao je da je tom prilikom bilo reči o promeni načina komandovanja vojskom:
“Niko o tome nije razgovarao na Vrhovnom savetu odbrane.”
Vrhovni savet odbrane usvojio je doktrinu na predlog Ministarstva odbrane, uz prethodno usaglašavanje stavova u predlogu doktrine između kabineta svih članova Vrhovnog saveta odbrane - odgovoreno je iz kabineta predsednika državne zajednice predsednika Svetozara Marovića povodom zahteva Vlade Srbije da se dodatno pojasne donete odluke. U Ministarstvu odbrane, međutim, kažu da uprkos nejasnoj situaciji jedinstveni lanac komandovanja nije prekinut. Portparol Zoran Puhač:
“Vojskom komanduje Vrhovni savet odbrane Srbije i Crne Gore i komanduje njom na celoj teritoriji Srbije i Crne Gore.”
Sasvim suprotno mišljenje ima vojni komentator dnevnika Politika Ljubodrag Stojadinović, koji smatra da Vrhovni savet odbrane samo formalno ima komandu nad Vojskom Srbije i Crne Gore:
“Očigledno je da ne postoji taj jedinstveni lanac komandovanja i da se Crna Gora i njeno političko rukovodstvo ponašaju kao da je taj posao već završen i da je samo potreban deobni bilans da one jedinice koje se nalaze na teritoriji Crne Gore budu praktično crnogorska vojska uz još neke koncepcijske dodatke koje su Crnogorci razdradili godinama unazad. Dakle, da neke policijske jedinice budu presvučene u Vojsku Crne Gore. Što se tiče Srbije, jedinice na teritoriji Srbije slušaju naređenje načelnika Generalštaba i ministra odbrane pa i u konačnom smislu i predsednika državne zajednice ali očigledno da vojska funkcioniše po inerciji i da odluke Vrhovnog saveta odbrane ne mogu da promene ništa nabolje ali na svu sreću ne mogu da promene ništa nagore. Znači ono što će se dogoditi to izgleda projektovano političkim odlukama koje slede 21. maja na referendumu o budućnosti Crne Gore.”
“Kolegijum ministra odbrane je zaključio da predloži Vrhovnom savetu odbrane da donese odluku da se usvojena doktrina Vojska Srbije i Crne Gore ne primenjuje do završetka referenduma u Republici Crnoj Gori. Znači da se ne primenjuje uopšte na celoj teritoriji.”
Kabinet predsednika Srbije Borisa Tadića saopštio je da tvrdnja predsednika Crne Gore Filipa Vujanovića da su na osnovu odluka Vrhovnog saveta odbarane i jedinice Vojske na teritoriji ove republike pod njegovom komandom ne proizilazi iz zaključka sa tog sastanka. Istovremeno Vlada Srbije je zatražila je od Ministrarstva odbrane da preduzme korake kako bi se u najkraćem roku preinačile odluke Vrhovnog saveta odbrane koje Vojsku SiCG, kako je navedeno, suprotno Ustavnoj povelji, stavljaju u različit položaj u državama članicama. Vlada je takođe i od predsednika državne zajednice Svetozara Marovića i Vrhovnog saveta odbrane zatražila dodatna pojašnjenja donetih odluka. Andreja Mladenović, portparol vladajuće Demokratske stranke Srbije:
“Očigledno je, kada sa najvišeg mesta iz jedne republike dođe jedno tumačenje da morate tražiti objašnjenje. I ono je traženo od tog organa, koji je o tome i raspravljao i neke dokumente usvojio. Da da objašnjenje da li je zaista to tumačenje ispravno ili nije. Ja se nadam da će to biti na pravi način razjašnjeno i da se ta pitanja neće koristiti upravo u svrhe određenih kampanja i nekih pojedinačnih političkih ciljeva.”
Odmah nakon sednice Vrhovnog saveta odbrane i ministar odbrane Zoran Stanković demantovao je da je tom prilikom bilo reči o promeni načina komandovanja vojskom:
“Niko o tome nije razgovarao na Vrhovnom savetu odbrane.”
Vrhovni savet odbrane usvojio je doktrinu na predlog Ministarstva odbrane, uz prethodno usaglašavanje stavova u predlogu doktrine između kabineta svih članova Vrhovnog saveta odbrane - odgovoreno je iz kabineta predsednika državne zajednice predsednika Svetozara Marovića povodom zahteva Vlade Srbije da se dodatno pojasne donete odluke. U Ministarstvu odbrane, međutim, kažu da uprkos nejasnoj situaciji jedinstveni lanac komandovanja nije prekinut. Portparol Zoran Puhač:
“Vojskom komanduje Vrhovni savet odbrane Srbije i Crne Gore i komanduje njom na celoj teritoriji Srbije i Crne Gore.”
Sasvim suprotno mišljenje ima vojni komentator dnevnika Politika Ljubodrag Stojadinović, koji smatra da Vrhovni savet odbrane samo formalno ima komandu nad Vojskom Srbije i Crne Gore:
“Očigledno je da ne postoji taj jedinstveni lanac komandovanja i da se Crna Gora i njeno političko rukovodstvo ponašaju kao da je taj posao već završen i da je samo potreban deobni bilans da one jedinice koje se nalaze na teritoriji Crne Gore budu praktično crnogorska vojska uz još neke koncepcijske dodatke koje su Crnogorci razdradili godinama unazad. Dakle, da neke policijske jedinice budu presvučene u Vojsku Crne Gore. Što se tiče Srbije, jedinice na teritoriji Srbije slušaju naređenje načelnika Generalštaba i ministra odbrane pa i u konačnom smislu i predsednika državne zajednice ali očigledno da vojska funkcioniše po inerciji i da odluke Vrhovnog saveta odbrane ne mogu da promene ništa nabolje ali na svu sreću ne mogu da promene ništa nagore. Znači ono što će se dogoditi to izgleda projektovano političkim odlukama koje slede 21. maja na referendumu o budućnosti Crne Gore.”
