Prema odluci o formiranju, Komisija je, između ostalog, trebala da utvrdi masovna i pojedinačna ubistva sa mjestima posmrtnih ostataka žrtava, masovna i pojedinačna zatočenja, silovanja i seksualna zlostavljanja, deportovanja, izbjegla i nestala lica, žrtve nedozvoljenih metoda i sredstava ratovanja i civilne žrtve rata. No, prema informaciji Vijeća ministara koja je upućena Parlamentu BiH, Komisija nije izvršila nijednu od obaveza. Problemi u radu nastali su kada je, osim ljudskih žrtava, otvoreno pitanje ispitivanja i materijalne štete, kaže predsjednik Komisije Cvjetko Savić:
“Komisija nije mogla postići saglasnost oko toga šta je ustvari predmet istraživanja. Predstavnici iz reda srpskog naroda i predstavnik iz reda ostalih naroda su smatrali da treba istraživati isključivo i jedino ljudske žrtve. Članovi bošnjačkog naroda su smatrali da treba istraživati ljudske žrtve i materijalne štete ili, pak, zaštićene objekte.”
Polarizacija stavova oko mandata Komisije uslijedila je nakon sugestije Vijeća ministara BiH da je primarni zadatak istraživanje ljudskih žrtava, što je, kako stoji u informaciji, od dijela članova protumačeno kao da istraživanje ne isključuje materijalne štete. Iako je Parlament BiH inicirao nastanak Komisije, u raspravi o njenom radu mogla su se čuti oprečna mišljenja o njenom mandatu. Zastupnik Sefer Halilović podržava i utvrđivanje materijalne štete:
“Dopustite da vas samo podsjetim na dvije tvornice ili fabrike koje su bile u Sarajevu, sad se nalaze na drugim mjestima. Odakle Orao iz Rajlovca u Bijeljini? Ili odakle Famos u Mokrom? Ovo pitanje treba postaviti na nivou države, dakle potrebno je formirati državnu komisiju na nivou države koja će istražiti stradanje ljudi i dobara. I mislim da ovdje treba da se boje samo oni koji su odgovorni i koji su krivi.”
Zastupnica Milica Marković smatra kako su najvažnije žrtve, te da se materijalna šteta može nadoknaditi. No, upoređujući rad Komisije za Sarajevo i one za Srebrenicu, kaže kako se stiče dojam da se žrtve relativiziraju:
“Ako mi polazimo od toga da je za Srebrenicu trebala komisija da se formira da bi bile utvrđene činjenice koje su utvrđene, a za neke druge regije u BiH ne trebaju, onda se bojim da tu postoje ili namjere koje nisu dobre prema nekim drugim žrtvama koje su na drugim područjima BiH, ili postoji nešto za što bih rekla da je da se neke druge žrtve žele relativizovati i želi se dati manji značaj njima.”
Vijeće ministara je u svojoj informaciji dalo primjedbu kako Komisija nije dostavljala ni obavezne tromjesečne izvještaje o radu. No, Komisija od 1. januara prošle godine nije uradila ništa, tako da nije imala o čemu ni izvijestiti. Iako je Komisija imala jednogodišnji mandat koji je trebao da traje do 30. juna 2007. godine, radila je tek 5 mjeseci, ukoliko se ne računa mjesec dana koliko su članovi proveli na godišnjem odmoru. Za sve vrijeme njenog rada potrošeno je oko 230.000 konvertibilnih maraka, kaže Savić, i napominje šta je Komisija u tom periodu uradila:
“Upućen je ukupno 61 zahtjev za dostavljanje dokumentacije. Primljeno je 26 odgovora u smislu podrške, a institucije RS-a su počele dostavljati podatke. Ostale institucije, institucije Federacije BiH i na nivou BiH nisu u tome periodu dostavile ništa od podataka koji bi bili relevantni za rad Komisije.”
Član Komisije Ivica Marinović kaže kako je s bivšim sazivom Vijeća ministara bio postignut dogovor o mandatu, ali da aktuelni saziv za probleme nije imao sluha:
“Vijeće ministara pod predsjedavanjem gospodina Špirića nikada nije htjelo ući u sadržaj onoga što je Povjerenstvo napravilo, nego se bavilo politiziranjem u smislu troškova, u smislu izmjene mandata, a nikad se u suštinu nije ušlo.”
Marinović kaže i kako je suština problema zapravo pokušaj da se Komisija pretvori u prvobitno zamišljenu koncepciju - istraživanje stradanja Srba, što je, prema njegovom mišljenju, štetno, kao i nastojanje Bošnjaka da uvrste i materijalnu štetu:
“Ukoliko bi se Povjerenstvo samo usmjerilo na stradavanje Srba, to bi bila jedna velika greška koja ne bi dovela do istine, a istina je pretpostavka pomirenja zaraćenih aktera. Isto tako bila bi velika greška kada bi Povjerenstvo pokušavalo se svrstati na bošnjačku stranu i krenulo u ispitivanje materijalnih šteta, koje bi preklopile ljudske žrtve.”
Vijeće ministara BiH uputilo je i prijedlog da Parlament formira novu komisiju. Nova bi mogla, tvrdi Marinović, krenuti od naučnog projekta koji je Komisija sačinila i oko kojeg je postignut dogovor. No, ne predviđa joj uspjeh jer će se suočiti s istim problemima:
“Onima koji odlučuju nije cilj do istine, nego do ogromne politizacije ovoga problema.”
Inače, Parlament BiH je još 2004. godine sebi u zadatak dao podršku Komisiji za ispitivanje stradanja Srba, Bošnjaka, Hrvata i ostalih građana Sarajeva u periodu od 1992.-1995. godine, a u okviru ispunjavanja uslova i međunarodnih obaveza za potpisivanje Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju.
