Hrvatski predsjednik Stjepan Mesić u poruci u povodu smrti Ivana Pavla II je kazao da papa bio osvjedočeni prijatelj Hrvatske i hrvatskoga naroda, zagovaratelj prava na slobodu i neovisnost, i zagovaratelj hrvatskog puta priključivanja europskoj zajednici naroda. Premijer Ivo Sanader uputio je u ime hrvatske vlade i svoje osobno ime kardinalu Josipu Bozaniću izraze najdublje sućuti, naglasivši da Ivan Pavao Ii. nije bio samo vrhovni poglavar Katoličke crkve nego i čovjek koji je u današnjem svijetu bio vrhovni moralni autoritet. Na svim državnim institucijama u znak žalosti zastave su spuštene na pola koplja.
