Džon Šindler sa Američkog mornaričkog koledža, autor knjige o terorizmu, izjavio je da je Al Kaida učestvovala u ratu u BiH od 1992. do 1995. godine i da je tu zapravo oblikovana kao moderna teroristička organizacija. U intervjuu za mrežu CNN Šindler tvrdi da je članove Al Kaide u BiH-u pozvala tadašnja vlast, te da su u BiH imali kampove za obuku. Šindler objašnjava kako je Osama bin Laden eksploatisao rat u BiH za svoje vlastite ciljeve, kao i zabrinjavajući nivo podrške američke Vlade mudžahedinima u BiH. U knjizi se govori i kako je Klintonova administracija, u saradnji sa Iranom, tajno snabdijevala bosanske mudžahedine, uključujući Al kaidu, milionima dolara u oružju i opremi.
