Tužilaštvo BiH podiglo je optužnicu protiv Stojana Perkovića zbog zločina protiv čovječnosti. Optuženi se tereti da je učestvovao u napadima vojske i policije RS na civile, na području općine Rogatica u vremenskom periodu od sredine do kraja 1992. godine. Kao zapovjednik čete je "pomagao, a nije spriječio niti kaznio ubistva, prisilne nestanke, silovanja, progon civila nesrpske nacionalnosti", navodi se izmedju ostalog uoptužnici. Perković je optužen i da je sa podredjenim vojnicima Vojske RS sudjelovao u odvodjenju civila Bošnjaka u nepoznatom pravcu, od kada im se gubi svaki trag. kao i u zatvaranju, zlostavljanju i mučenju Bošnjaka.
